在性质和功能等方面不同，主要表现在以下几个方面：
1、在我国,法律对公司设立过程中设立协议和公司章程的规定因公司组织形式的差异而有所不同;
2、设立协议一般是不要式法律文件，作为当事人之间的合同， 主要根据当事人的意思表示形成，而公司章程则是要式合同;
3、公司设立协议与公司章程的效力也不同。
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