外籍人员申报纳税的方式有三种：自行申报、扣缴义务人代扣代缴以及委托税务代理人代理申报。按照以下取得收入的不同情况分别处理：

　　(1)支付所得的单位和个人作为扣缴义务人在支付所得时代扣代缴税款;

　　(2)纳税人有下列情形之一的,应自行申报:

　　① 年所得12万元以上的;

　　② 从中国境内两处或两处以上取得工资、薪金所得的;

　　③ 从中国境外取得所得的;

　　④ 取得应税所得，没有扣缴义务人的;

　　⑤ 国务院规定的其他情形。

　　(3)外籍人员在境内外商投资企业或外国企业在境内设立的机构、场所任职、受雇，取得由境外企业支付的工资薪金，凡该境内外商投资企业或机构、场所与境外企业存在关联关系的，所取得的该部分境外企业支付的工资薪金，境内企业或机构、场所负责代扣代缴个人所得税。

　　以上三种情况，外籍人员都可以委托税务代理人办理申报纳税。
　　外国企业在中国境内设立两个或者两个以上营业机构的，可以由其选定其中的一个营业机构合并申报纳税。但该营业机构应当具备以下条件：对其他各营业机构的经营业务负有监督管理责任；设有完整的账簿、凭证，能够正确反映各营业机构的收入、成本、费用和盈亏情况。合并申报缴纳所得税，应当由其选定的营业机构提出申请，经当地税务机关审核后，依照下列规定报批：合并申报纳税所涉及的营业机构设在同一省、自治区、直辖市的，由省、自治区、直辖市税务机关批准；合并申报纳税所涉及的各营业机构设在两个以上省、自治区、直辖市的，由国家税务总局批准。外国企业经批准合并申报纳税后，遇有营业机构增设、合并、迁移、停业、关闭等情况时，应当在事前由负责合并申报纳税的营业机构向当地税务机关报告，需要变更合并申报纳税营业机构的，依上述程序报批。

　　外国企业合并申报纳税，所涉及的营业机构适用不同税率纳税的，应当合理地分别计算各营业机构的应纳税所得额，按照不同的税率缴纳所得税。如果各营业机构有盈有亏，盈亏相抵后仍有利润的，应当按有盈利的营业机构所适用的税率纳税。发生亏损的营业机构，应当以该营业机构以后年度的盈利弥补亏损，弥补亏损后仍有利润的，再按该营业机构所适用的税率纳税，其弥补额应当按为该亏损营业机构抵亏的营业机构所适用的税率纳税。外商投资企业在中国境内设立分支机构的，在汇总申报缴纳所得税时，也按上述规定办理。